Como todo aparelho ortodôntico, o Invisalign também tem as suas indicações e contra-indicações, as quais devem ser avaliados por um Invisalign Doctor.
No seu início, há mais ou menos 18 anos, o Invisalign era indicado apenas para casos simples.
Atualmente, graças aos grandes avanços tecnológicos desenvolvidos pela Align Tecnology Inc., tanto no processo de planejamento como no processo de confecção do aparelho, o Invisalign se mostra tão eficiente quanto aos demais aparelhos ortodônticos, sendo assim indicado para a grande maioria dos casos.